建炎三年（1129年）五月，赵构进驻建康府、立定行在之后，暂时稳住了南宋摇摇欲坠的东南半壁。虽经苗刘兵变惊魂、扬州溃逃之耻，赵构依旧未改畏金苟安、屈膝求和的根本国策。甫一定居，他便即刻挑选使臣、筹备和议，意图以极致退让换取金国承认南宋偏安政权、停止南侵兵祸。
为向金人传递极致臣服之意、乞求喘息之机，赵构正式任命洪皓为大金通问使，持国书、携厚币北上乞和。此次求和，南宋彻底放下王朝尊严、抛弃所有底线，国书中措辞卑微至极，向金国明确表态：愿去皇帝尊号、停用大宋年号、依从金国正朔，自比藩臣属国，只求金人罢兵、保全东南一隅。这是赵构登基以来最为屈辱的一次求和表态，等于主动宣告放弃大宋正统、甘愿沦为金国附庸，足以见其避战求生、畏惧兵锋的迫切心态。
然而金人吞并江南、生擒赵构的野心早已笃定，区区卑辞臣服、自降名分，根本无法满足其灭宋之志。
时至建炎三年七月，江南谍报四起、边警骤急，赵构正式获得确切军情：金军最精锐的主战统帅、四太子完颜宗弼（兀术） 已整备三军，即将兵分三路大举渡淮南下。此次南侵，金军不再谋求蚕食中原州县，而是定下渡江灭宋、生擒赵构、根除赵氏残余的终极战略目标，意图一战彻底终结南宋政权，一统南北。
亡国危局迫在眉睫，即便已然洞悉金人灭己之心，赵构依旧不肯整军备战、锐意抗金，反而继续寄希望于摇尾乞怜、外交苟安。在短短月余之内，他连续派出崔纵、杜时亮两批求和使节奔赴金营，反复卑辞哀恳、跪地乞和。
金人自恃兵强马壮、胜券在握，对南宋所有求和请求一概断然拒绝、置之不理。完颜宗弼尽数收拢各路兵力，将金国主力重兵全部集结于两淮江淮前线，打造渡江精锐兵团，万事俱备，只待秋风水落、战舰齐备，便横渡长江、横扫江南、追擒宋主。
闰八月二十六日，自知建康难守、长江防线岌岌可危的赵构，彻底丧失固守江防的信心。他仓促将长江下游全线防务全权交付杜充节制镇守，托付江南最后的屏障防线，自己则带着朝廷百官、后宫仪仗登上御用楼船，仓皇驶离建康行在，再度开启南迁避敌之路。
御舟一路沿江南水道南下，一路躲避兵锋、不敢停留，直至九月十二日方才靠岸登陆越州。赵构见此地山水阻隔、远离江淮主战场，遂下诏驻跸越州，暂时作为临时朝廷驻地，苟安观望。
赵构前脚弃守建康、南逃越州，金军后脚便发动渡江总攻。建炎三年十一月下旬，完颜宗弼大军进抵长江天险，于马家渡强渡长江。镇守江防的宋军拼死阻击，都统制陈淬身先士卒、浴血死战，率水师精锐死守渡口，最终力竭殉国、壮烈战死。宋军群龙无首、全线崩溃，长江天险彻底失守，金军主力顺利渡江，江南腹地彻底暴露在金兵铁蹄之下，南宋再无天险可恃。
马家渡败报飞速传至越州行宫，朝野震恐、人心大乱。赵构听闻长江防线尽溃、金军已然渡江，惊慌失措、昼夜难安。参知政事吕颐浩审时度势、进言献策，建议朝廷继续向南纵深撤退、避敌锋芒，退守浙东沿海，依托山海屏障保全朝廷、延续国祚。惊惧不已的赵构别无选择，当即采纳其议，决意放弃浙西、奔逃明州。
十二月十五日，金军一路势如破竹、长驱直入，攻陷东南重镇、曾经的临时都城临安（杭州），富庶江南惨遭兵祸蹂躏。临安失守，浙西尽溃，明州危在旦夕，陆地已然无立足之地。
绝境之下，赵构只能铤而走险、避之于海。他舍弃陆路车马，尽数换乘海船，自明州扬帆出海，先逃往定海县暂避；十二月十九日，风浪稍定，船队再度启航，渡海奔赴昌国县，彻底漂泊于东海汪洋之上，成为中国历史上罕见的海上流亡天子。
即便已然亡命沧海、朝不保夕，赵构心中依旧残存着不切实际的求和幻想，始终不愿放弃和议退路。为预留和谈余地，他特意留下参知政事范宗尹、御史中丞赵鼎二人驻守明州，留守岸边等候金国使臣，妄图在绝境之中依旧争取和谈转机、求得金人罢兵。
不久之后，滞留明州的二人终于等到金国传回的国书。可通篇文书之中，金人无一字和谈之意、无半分缓和姿态，唯有对赵构君臣怯懦逃遁、弃土丧国的厉声痛骂、极尽鄙夷斥责，态度傲慢决绝、彻底断绝和议可能，赵构最后的求和幻想彻底破灭。
金军攻陷临安之后，继续全线追击、穷追不舍，相继攻破越州、明州，尽数占领浙东州县，一路追至海滨，务求擒杀赵构、覆灭宋廷。
建炎四年（1130年）正月，完颜宗弼遣海军入海追击，金军铁骑追至海上，于东海洋面直扑南宋流亡船队，开启空前绝后的帝王海上大追剿。
彼时天不亡宋，海上骤然狂风大作、巨浪滔天，金军仓促征集的海船体量狭小、形制简陋、不擅远洋，在暴风巨浪中颠簸飘摇、几近倾覆，金兵眩晕呕吐、军心大乱、战力尽失。与此同时，南宋和州防御使、枢密院提领海船张公裕率领朝廷大型远洋水师战船及时驰援，巨舰破浪、列阵迎敌，凭舰船体量与水师优势奋勇击退金军舟师。
金人海战失利、无力再追，只能悻悻退兵、撤回明州海面。侥幸逃过一劫的赵构，不敢片刻停留，率领流亡船队继续沿海南下，漂泊避敌，先后驻泊台州、温州海面及沿岸，在东海之上辗转数月，历经颠沛流离、九死一生，方才保全性命与宋室法统。
与此同时，为彻底搜捕皇室、断绝宋朝根基，金军分兵多路、全面扫荡江南。另一路金军杀入江西境内，目标直指寄居江右的隆祐太后，意图擒获后宫太后、彻底瓦解南宋民心正统。隆祐太后闻讯仓促出逃，一路奔避、辗转流离，最终退守地势险要的虔州，得以保全。待东南战局稍缓、朝廷局势安定，赵构方才遣使将太后迎回越州归养。
完颜宗弼大军自渡江以来，横扫江南数千里、连破数十州府，攻城略地、劫掠无数，却始终无法擒获流亡海上的赵构。金军孤军深入江南腹地数月，远离北方大本营、后援不济、补给困难，加之江南春雨将至、天气日渐湿热，北人水土不服、疫病渐生，兵士厌战、军心疲惫，长期悬师深入已然得不偿失。
在建炎四年二月初三日，完颜宗弼眼看搜捕无获、追击无果，只得宣布**“搜山检海已毕”**，带着劫掠的巨额金银财帛、人口物资，统率全军自江南大举北撤，准备班师回金。
然而，金军满载辎重、归途迟缓，沿途不再如南下时势如破竹，反倒处处遭遇南宋军民的顽强阻击、节节袭扰，一路损兵折将、狼狈不堪。撤军途经镇江江面之时，遭遇韩世忠水师重兵拦截，爆发震惊南北的黄天荡之战。韩世忠以八千水师围困金军十万主力，锁断长江、困敌四十八日，完颜宗弼数次身陷绝境、几近被擒，最终依靠凿河遁走、侥幸脱身，是金军南侵以来遭遇最惨重的一次挫败。
建炎四年三月十九日，海上风浪平息、金军主力尽数北撤，江南局势暂时解围。漂泊东海数月的赵构自海路返还浙西，于四月十二日重回越州驻跸。历经亡国亡命、沧海颠沛，赵构早已彻底畏惧建康前线的兵险，再也无意北还旧疆、重回长江/前线，决意以越州为根基、长久偏安浙东。
次年，赵构改元绍兴，开启南宋偏安时代。绍兴元年（1131年）十月，朝廷下诏升格越州为绍兴府，确立东南核心行在地位。
局势稍定之后，赵构开始着手重整崩坏的朝廷军政体系、重建南宋国家秩序，深度吸取建炎以来兵权散乱、兵变频发、藩镇涣散、将帅擅权的惨痛教训，着力强化中央皇权、收拢军政大权、重构国防体系。
其一，重整禁卫武力，重新编组诸班直禁军，强化天子亲军建制，反复强调中央朝廷对天下军队的绝对控制权，杜绝武将私兵化、地方割据化；
其二，废除沿用数年、权位过重的御营司，撤销独揽军政的御营体系，恢复北宋中枢旧制，确立宰相兼任枢密使的制度，实现文武中枢合一、军政归于宰相统辖、皇权总揽全局；
其三，创设镇抚司制度，于江淮、荆襄、川陕等前线战乱区域分设镇抚使，分区管辖地方军民政务、负责辖区守御，构建分区联防、层层拱卫的国防格局。
镇抚司虽日后因弊端丛生被朝廷废罢，但其确立的分路防守、分区御敌的边防体系被永久保留，奠定了南宋百年边防规制。同时这一制度变相承认前线大将统兵守土的权力，使得中兴诸将的兵权、辖区、实力进一步合法化、体系化，为日后岳、韩、张、刘四大将割据一方、镇守边防埋下格局伏笔。
绍兴元年（1131年）十一月，赵构以绍兴府漕运不畅、物资供给不足、难以长期作为行都为由，下诏再度移跸。次年（1132年）正月十四日，朝廷正式进驻临安府，自此基本确立南宋以临安为都城、偏安江南的百年立国格局。
就在南宋重整内政、修复秩序、南北局势短暂趋于平衡的关键节点，影响宋金百年战局、左右南宋和战国策的关键人物——秦桧，自金国南归，正式踏入南宋中枢政坛。
秦桧原是北宋御史中丞，靖康之变中随二帝被俘北上，此后依附金国权贵，供职于金军左副元帅完颜昌（挞懒）幕府，沦为金人羽翼下的附庸文人。建炎四年（1130年）九月，秦桧携家眷自金国脱身南归，诡称“杀敌夺舟、冒险逃归”，隐瞒其在金国屈身事敌、受金主扶植的真实经历。
同年十一月，赵构亲自召见秦桧入对。秦桧一见高宗，便极力兜售南北和议、罢兵休战、划界偏安的主张，提出一整套妥协退让、息兵求和的治国方略，精准契合赵构内心根深蒂固的苟安心态。
赵构对秦桧一见倾心、大加赏识，当众盛赞其**“朴忠过人”，直言自得秦桧之后“喜而不寐”，视其为天赐辅臣、知音良相，决意将和议大业全权托付。当日便破格任命秦桧为试礼部尚书**，厚加赏赐、骤得高位，开启其专擅南宋和议大政的生涯。
绍兴元年（1131年）正月，赵构再度超擢秦桧，拜参知政事，跻身执政重臣之列；同年八月，更进一步罢黜范宗尹相位，以秦桧出任右相，全权主持朝堂政务、专职贯彻对金妥协、屈膝和议的基本国策，和派势力正式掌控中枢核心。
为平衡朝堂、相互制衡，赵构同时再起主战老臣吕颐浩，拜其为左相，班次、位阶皆在秦桧之上，形成左主战、右主和的双相并立格局。
吕颐浩向来力主整军备战、伺机北伐、恢复中原，与秦桧的求和路线截然对立。他重回中枢之后，即刻援引老臣朱胜非还朝参政，结成主战朝臣集团，刻意牵制、制衡秦桧和派势力，朝堂党争再度兴起，和战两派对峙格局成型。
秦桧身居右相、心怀独霸朝政之志，不甘受制于吕颐浩，遂大肆结党营私、培植亲信、排斥异己，处处打压主战派官员、架空左相权力，朝堂派系斗争愈演愈烈。
与此同时，秦桧为推进南北分治和议，正式抛出**“南人归南、北人归北”**的核心国策：主张原籍南方之人归宋、原籍北方之人归金，承认金国占领北方的既定事实，彻底割裂南北疆域、放弃中原故土。
此论一出，朝野哗然，彻底触怒赵构。高宗当场诘问群臣、直指其谬：“秦桧说‘南人归南，北人归北’，朕是北人，将去哪里？”
一语道破秦桧国策的荒谬与致命缺陷：若依其策，出身北方的高宗、大批北方南渡文武百官、数十万北方归正军民，皆无所归、无所立足，等于彻底否定南宋朝廷的合法性与存在根基。赵构自此彻底看清秦桧只顾和议、不顾国体、格局狭隘、私心深重的弊病，对其极度失望、心生厌弃。
绍兴二年（1132年）八月二十六日，赵构正式下诏罢黜秦桧相位，并且当众放言对秦桧**“终不复用”**，一时之间，和派势力遭受重创，朝堂主战声浪重新抬头。
秦桧罢相之后，左相吕颐浩独秉朝政，数次向赵构慷慨进言、上疏力请，恳请朝廷整饬武备、积蓄力量、伺机北伐、收复中原、洗刷国耻。
但历经连年战乱、海上亡命、颠沛流离的赵构，早已锐气尽失、厌战惧战，内心彻底倾向苟安守成、不愿再起边事、不愿兴兵北伐。加之朝中言官接连上疏，不断弹劾吕颐浩专权刚猛、行事过激、结党树势，久而久之，赵构对屡次主战、不断催战的吕颐浩日渐厌烦、心生疏离。
绍兴三年（1133年）九月，深知君心已变、大势难回的吕颐浩，见北伐无望、国策难行、屡遭君上厌弃，遂顺势称病求退、辞去相位，自此淡出南宋中枢核心，朝堂主战力量再度衰微，为日后秦桧再度复起、独掌和议大局彻底铺平道路。