小智正在全神贯注地看着他在临走前大木博士送的神奇宝贝图鉴，上面详细记载了各种神奇宝贝的资料。
小智看完图鉴之后，把皮卡丘放了出来，皮卡丘从神奇宝贝球出来后，厌恶地踢了一下宝贝球，然后爬到树上，小智记起了大木博士说的话：皮卡丘不亲近人类，不喜欢神奇宝贝球。小智对着站在树上的皮卡丘说：“皮卡丘，下来啊，这样很危险。”尽管小智怎样叫喊着，皮卡丘还是若无其事。
小智想：算了，等一下再叫他吧，我先去捉一只神奇宝贝。小智放眼望去，看见远处站着一只烈雀，准备捕捉它，可是皮卡丘不愿意帮他战斗，只有自己来了。小智随地捡起一块石头，向烈雀砸去，一下就把烈雀砸晕了。小智拿出宝贝球，向他扔去，一下、两下、三下，突然，烈雀把宝贝球撑开，飞走了。小智想：算了，先叫皮卡丘吧！小智又叫着皮卡丘。
突然，天边出现一道彩虹，一只彩虹鸟在彩虹上方飞过，很美丽。小智一时之间吓呆了，他怎么也没想到，他能见到彩虹鸟，它可是传说神奇宝贝啊！小智想着想着，彩虹鸟就飞走了。
顿时，下起了倾盆大雨。小智正在找避雨的地方，天上却有几只烈雀正向小智这里飞来，就连皮卡丘也有危险。小智见状，爬到树上，抓起皮卡丘就往前面的常磐镇跑。
烈雀的飞行速度很快，马上就追上了小智，小智把皮卡丘抱在怀里，想让皮卡丘不受伤害。烈雀飞来啄小智的衣服，衣服被烈雀啄烂了，雨水打在小智身上，可皮卡丘却毫发无损。皮卡丘似乎被感动了，跳出小智的怀里，聚集雷电之力。小智看到一道雷电劈在了皮卡丘身上，小智很害怕。但是，小智想起神奇宝贝图鉴上写着皮卡丘是电气神奇宝贝，可以聚集雷电，发出厉害的绝招，小智立马放心了。聚集了雷电的皮卡丘很厉害，发出了一击“十万伏特”，把所有的烈雀电晕了。用了绝招的皮卡丘好像很累，马上昏了过去。小智见状，抱起皮卡丘就往常磐镇跑。看见前面有一辆脚踏车，就把皮卡丘放进前面的篮子里，自己使劲骑着脚踏车。脚踏车的主人来了，也使劲追着小智跑。
小智到了常磐镇，他顾不得停车了，直接把车摔在地上，车子立刻变成了破烂。小智当时也顾不得想那么多了，抱着皮卡丘进去了，他吧皮卡丘交给了乔伊小姐，乔伊说：“你的神奇宝贝怎么成这样了？你是怎么照顾他的？”小智没有说什么。小霞也追到了这里，看见皮卡丘病的那么严重，进去把小智狠狠地说了一顿：“喂，这是你的神奇宝贝吧？你为什么不照顾好他？你... ...”“对不起了啦，只是... ...”“只是什么啊，那是我的脚踏车诶，你把它弄坏了我怎么办？你赔！”小霞生气的说。“我拿什么赔啊，我又没钱...”小智解释道。“总之你不赔我就一直跟着你。”小霞说。（其实小霞就是想找个旅行陪伴）
乔伊小姐出来了，说：“小智，你的神奇宝贝安全了。”皮卡丘从床上跳到小智怀里，好像很亲热。乔伊小姐说：“你和你的神奇宝贝好像很亲热啊，我知道，你一定不是故意的。”“是啊，刚才危急时刻是皮卡丘救了我。”小智脸上露出了笑容。